Era pemerintahan Orde Baru adalah yang terpanjang sejak Indonesia merdeka. Masa pemerintahan yang cukup panjang tersebut turut memberikan kontribusi besar terhadap pemantapan lembaga keimigrasian, walaupun dalam pelaksanaannya mengalami beberapa kali penggantian induk organisasi. Stabilitas politik dan pertumbuhan ekonomi yang relatif tinggi selama era Orde Baru mendorong lembaga keimigrasian di Indonesia untuk semakin berkembang dan profesional dalam melayani masyarakat. Pada era ini terjadi beberapa kali perubahan organisasi kabinet dan pembagian tugas departemen, yang pada gilirannya membawa perubahan terhadap organisasi jajaran imigrasi.
Pada tanggal 3 November 1966 ditetapkan kebijakan tentang Struktur Organisasi dan Pembagian Tugas Departemen, yang mengubah kelembagaan Direktorat Imigrasi sebagai salah satu pelaksana utama Departemen Kehakiman menjadi Direktorat Jenderal Imigrasi yang dipimpin oleh Direktur Jenderal Imigrasi. Perubahan inipun berlanjut dengan pembangunan sarana fisik di lingkungan Direktorat Jenderal Imigrasi yang luas. Pembangunan gedung kantor, rumah dinas, pos imigrasi maupun asrama tahanan dijalankan tahun demi tahun.
Di bidang SDM dan pembinaan karier, sistem penempatan dan pembinaan karier pegawai yang direkrut Direktorat Jenderal Imigrasi yang zig zag, tidak terpaku di satu pos, diteruskan. Sistem pembinaan karir di bidang imigrasi juga terus disempurnakan dengan tetap mengedepankan prinsip profesionalisme dan keadilan.
Beban kerja yang semakin meningkat dan kebutuhan akan akurasi data, mendorong Direktorat Jenderal Imigrasi untuk segera menerapkan sistem komputerisasi di bidang imigrasi. Pada awal tahun 1978 untuk pertama kalinya dibangunlah sistem komputerisasi di Direktorat Jenderal Imigrasi, sedangkan penggunaan komputer pada sistem informasi keimigrasian dimulai pada tanggal 1 Januari 1979.
Di bidang peraturan perundangan keimigrasian pada masa Orde Baru, dalam rangka mendukung program Pembangunan Nasional Pemerintah, banyak produk regulasi keimigrasian yang dibuat untuk mengifisienkan pelayanan keimigrasian dan/atau untuk mendukung berbagai sektor pembangunan, antara lain pengaturan terkait:
- Pelayanan jasa keimigrasian,
- Penyelesaian dokumen pendaratan di atas pesawat jemaah haji 1974,
- Penyelesaian pemeriksaan dokumen di pesawat garuda Jakarta-Tokyo,
- Perbaikan kualitas cetak paspor,
- Pengaturan masalah lintas batas,
- Pengaturan dispensasi fasilitas keimigrasian,
- Penanganan TKI gelap di daerah perbatasan,
- Pengaturan penyelenggaraan umroh,
- Pengaturan masalah pencegahan dan penangkalan,
- Pengaturan keimigrasian di sektor ketenagakerjaan,
- Pengaturan visa tahun 1979,
- Masalah orang asing yang masuk ke dan atau tinggal di wilayah Indonesia secara tidak sah,
- Penghapusan exit permit bagi WNI.
Di masa Orde Baru ini yang tidak bisa dilupakan adalah lahirnya Undang-Undang Keimigrasian baru yaitu Undang Undang Nomor 9 Tahun 1992 tentang Keimigrasian (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 1992 Nomor 33, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 3474), yang disahkan oleh DPR pada tangal 4 Maret 1992. Undang Undang Keimigrasian ini selain merupakan hasil peninjauan kembali terhadap berbagai peraturan perundang-undangan sebelumnya yang sebagian merupakan peninggalan dari Pemerintah Hindia Belanda, juga menyatukan/mengkompilasi substansi peraturan perundang-undangan keimigrasian yang tersebar dalam berbagai produk peraturan perundangan keimigrasian sebelumnya hingga berlakunya Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1992.
